Nejčastěji byly pokutovány firmy, které kontrolní hlášení vůbec nepodaly a na výzvy správce daně nereagovaly.  Pokuta za tento přečin je 50 000 Kč a pokut bylo uloženo celkem 1383. Druhým nejčastějším prohřeškem je pozdní podání kontrolního hlášení. Sankce za to, že správce daně musí firmě připomenut její povinnost výzvou, je pokuta 10 000 Kč. Takových bylo uloženo 208. Méně často byly pokutovány firmy, které do 5 pracovních dnů nezareagovaly na výzvu, aby svá hlášení opravily. Tato povinnost firmám vzniká, přestože se nakonec může ukázat, že měly své hlášení v pořádku a chyba vznikla na straně obchodního partnera. Sankcí je zde pokuta 30 000 Kč a uloženo jich bylo 185. Všechna tato data jsou za období 1.1. – 30.11.2016. De facto se ale vztahují k 10 měsícům existence kontrolního hlášení, protože listopadové DPH odevzdávaly firmy ke konci prosince.

Z odpovědi Generálního finančního ředitelství vyplývá, že nejčastějším prohřeškem českých plátců DPH je úplné ignorování kontrolního hlášení. „Systém kontrolního hlášení zachytil relativně vysoký počet nekontaktních plátců DPH, na které by měli správci daně obrátit svoji pozornost,“ dodává Gabriela Hoppe z Grant Thornton.

Nízký počet uložených pokut dokládá, že drtivá většina podnikatelů zvládá podávat kontrolní hlášení v souladu se zákonem. Podle odborníků z Grant Thornton to však nemění nic na skutečnosti, že podnikatelé, kteří své daně řádně platí, cítí kontrolní hlášení jako velkou zátěž.